Ngoài ra, gói thầu số 2 của dự án cũng đang tiến hành xây dựng hệ thống cống ngầm dài hơn 21km gom nước thải sông Tô Lịch về nhà máy xử lý nước thải Yên Xá gồm ba tuyến cống chính và những tuyến cống nhánh đấu nối thu gom nước thải từ các quận: Cầu Giấy, Đống Đa, Thanh Xuân, Hoàng Mai, đang được các nhà thầu tập trung thi công.